Con la caída del shogunato el emperador se erigió como símbolo de unidad nacional y comenzó con una serie de reformas sumamente radicales, siendo la primera la promulgación de la Carta de juramento de 1868, la cual tenía por objeto aumentar la moral así como conseguir ayuda financiera para el nuevo gobierno.

Guerra Boshin 

Fuerzas que pretendían restablecer la figura del shōgun se levantaron en armas, por lo que una guerra civil conocida como Guerra Boshin tuvo lugar entre 1868 y 1869. Nuevamente, tanto samuráis y rōnin hicieron su aparición en uno y otro bando, hasta que finalmente las fuerzas pro-imperialistas se levantaron con la victoria. Ya con la guerra ganada, se abolieron los privilegios de la clase samurái, por lo que los nacionalistas, que en un principio habían apoyado la figura del emperador así como la filosofía del Sonnō jōi, se sintieron traicionados.

Gobierno Meiji

El nuevo gobierno aseguró a las potencias extranjeras que los tratados firmados durante el shogunato Tokugawa serían acatados conforme a las leyes internacionales, la capital fue trasladada de Kioto a Edo, la cual fue renombrada como Tokio, y el sistema de feudos fue abolido en 1871, dando nacimiento al sistema de prefecturas, además de que se legalizó la propiedad de las tierras. El nuevo gobierno enfatizó además la práctica del sintoísmo, religión que gozó del patrocinio del estado.

A pesar de distintas protestas, los líderes del gobierno continuaron con una fuerte modernización del país: se tendieron cables telegráficos en las principales ciudades, además de que se construyeron vías de ferrocarril, astilleros, fabricas de municiones, así como plantas textiles.Todas esas medidas modernizadoras a la postre llevarían al país a convertirse en el primer país asiático industrializado.

Preocupados por la seguridad nacional, se hicieron grandes esfuerzos por modernizar el ejército: se estudiaron sistemas bélicos extranjeros, se contrataron consejeros de otros países, se enviaron cadetes a países europeos y a Estados Unidos, se estableció un ejército permanente con una gran cantidad de reservas y el servicio militar se volvió obligatorio.

Rebelión Satsuma 

Saigō Takamori, uno de los líderes más viejos en el Gobierno Meiji, estaba particularmente preocupado por la creciente corrupción política. Después de una serie de diferencias con el gobierno, renunció a su cargo y se retiró al dominio de Satsuma. Ahí estableció academias donde todos los estudiantes tomaban un entrenamiento e instrucción en tácticas de guerra. Las noticias acerca de las academias de Saigō fueron recibidas con gran preocupación en Tokio.

El 12 de febrero de 1877, Saigō se reunió con sus terratenientes Kirino Toshiaki y Shinohara Kunimoto y anunció su intención de marchar a Tokio para entrevistarse con el gobierno. Sus tropas comenzaron a avanzar, y para el 14 de febrero la avanzada arribó a la prefectura de Kumamoto, donde atacaron el Castillo Kumamoto. El 19 de febrero se hicieron los primeros disparos por parte de los defensores, al momento en que unidades de Satsuma intentaban forzar la entrada al mismo. El 22 de febrero, la armada principal de Satsuma arribó y atacó el castillo, con lo que la batalla continuó hasta la noche y las fuerzas imperiales que habían salido a su encuentro se retiraron. El ejército de Satsuma no pudo tomar el castillo y después de dos días de infructuoso ataque, las fuerzas de Satsuma cavaron alrededor del castillo y trataron de asediarlo. Durante el asedio, muchos de los ex-samuráis de Kumamoto desertaron hacia el bando de Saigō. Mientras tanto, el 9 de marzo, Saigō, Kirino y Shinohara fueron despojados de sus cargos y títulos oficiales desde Tokio.

El principal contingente de la Armada Imperial, bajo las órdenes del General Kuroda Kiyotaka y con la asistencia del General Yamakawa Hiroshi, arribó a Kumamoto en auxilio de los ocupantes del castillo el 12 de abril. Esto hizo que las tropas de Satsuma, que ahora estaban en completa desventaja numérica, huyeran. Después de una constante persecución, Saigō y sus samuráis restantes fueron empujados de vuelta a Kagoshima, donde se llevaría a cabo la batalla final: la Batalla de Shiroyama. Las tropas del Ejército Imperial comandadas por el General Yamagata AritomoKawamura Sumiyoshi24 de septiembre de 1877. Para las 6 de la mañana, sólo 40 rebeldes estaban aún con vida y Saigō estaba herido de muerte. Sus seguidores aseguran que uno de ellos, Beppu Shinsuke actuó como kaishakunin y ayudó a Saigō a cometer seppuku antes de que pudiera ser capturado.Después de la muerte de Saigō, Beppu y el último samurái en pie alzaron sus espadas y se dirigieron cuesta abajo hacia las posiciones imperiales, hasta que cayó el último de ellos por los disparos de las ametralladoras Gatling. Con estas muertes, la rebelión Satsuma llegó a su final. y los marines comandados por el Almirante sobrepasaban las fuerzas de Saigō sesenta a uno. Las tropas imperiales pasaron siete días construyendo y elaborando sistemas de presas, muros y obstáculos para prevenir que se escaparan. Cinco barcos de guerra se unieron al poder de la artillería de Yamagata y redujeron las posiciones de los rebeldes. Después de que Saigō rechazó una carta solicitando su rendición, Yamagata ordenó un ataque frontal el

Creación de un gobierno representativo.

El mayor logro institucional posterior a la Rebelión Satsuma fue el inicio de la tendencia a crear un gobierno representativo por parte de ciudadanos que habían sido relegados del gobierno.

Una de las figuras prominentes de este movimiento fue Itagaki Taisuke, uno de los principales líderes de la Provincia de Tosa. En 1875 formó el Aikokusha con la finalidad de presionar al gobierno en 1878. En 1881 formó el Jiyūtō , el cual tenía tendencias hacia la política francesa. Al año siguiente Ōkuma Shigenobu fundó el Rikken Kaishintō , el cual abrogaba por el establecimiento de un sistema demócrata constitucional a semejanza del sistema inglés. En respuesta, integrantes del gobierno formaron el Rikken Teiseitōo Partido Constitucional del Régimen Imperial ese mismo año de 1882. Posterior a estos partidos, muchos otros movimientos afloraron, algunos de manera violenta. Finalmente en 1889 la Constitución del Imperio del Japón (también conocida como Constitución Meiji) contempló una Dieta Imperial compuesta por una Cámara de Representantes popularmente electos, acompañada por una Cámara de Pares con una representación sumamente baja y compuesta por la nobleza en un sistema llamado kazoku.

Las primeras elecciones se llevaron a cabo en 1890 y 300 integrantes de la Cámara de Representantes fueron elegidos.

Expansionismo 

Primera Guerra Sino-Japonesa 

Durante el siglo XIX la península de Corea atrajo fuertemente la atención de Japón debido a su posición geográfica, la cual podía resultar en un punto estratégico para la defensa del archipiélago. Un conflicto temprano con Corea había sido resuelto momentáneamente por medio de la firma del Tratado de KanghwaShangai. La situación empeoró cuando el ejército chino aplastó la Rebelión Tonghak en propio suelo coreano, a pesar de que en la Convención de Tianjin tanto China como Japón habían aceptado retirar sus respectivos ejércitos de la península coreana, retirando el apoyo a las distintas facciones contendientes del país. Japón respondió rápidamente a la incursión china y ganó lo que hoy se conoce como Primera Guerra Sino-Japonesa, la cual finalizó en 1895 y nueve meses después de que comenzaran las hostilidades, cuando se hizo un llamado al cese al fuego. en 1876, con el cual los japoneses habían obtenido acceso a los puertos de dicha nación. En 1894 se precipitó una crisis política cuando un líder coreano pro japonés fue asesinado en

El conflicto finalizó con la firma del Tratado de Shimonoseki, mediante el cual se reconocía la independencia de Corea y por lo tanto éste cesaba de ser considerado como un estado tributario, 200 millones de taeles de indemnización de China a Corea, la apertura del río Yangtze a los japoneses para el comercio, el derecho de que inversionistas japoneses pudieran llevar negocios a China, así como la cesión de Taiwán, las islas Pescadores y la península de Liaodong a Japón, aunque ante la objeción de Rusia, Alemania y Francia, Liaodong fue devuelta.

Guerra Ruso-Japonesa 

Las ambiciones imperialistas tanto de Rusia, que estaba interesada en mantener el control sobre China, como de Japón, que quería el control de Corea, llevaron a ambos países a enfrentarse en 1904.

En 1902 el Reino Unido firmó junto con Japón la Alianza Anglo-Japonesa, mediante la cual los británicos reconocían los intereses nipones en Corea y se comprometían a mantenerse neutrales en caso de una posible guerra con Rusia «a menos que otra potencia se aliara con ellos, en cuyo caso tomarían un papel más activo». Esta alianza supuso una amenaza para los rusos, quienes buscaron un tono más conciliatorio que el que habían utilizado con anterioridad, incluso prometiendo el retiro de tropas para 1903.

Después de que Japón interpuso una queja debido al incumplimiento de los rusos del retiro oportuno de tropas, Rusia ofreció dividir a Corea por el paralelo 39, con el control del sur por parte de Japón, al norte una zona neutral, pero asegurando que Manchuria quedaría fuera de la esfera de influencia japonesa.

La guerra estalló en febrero de 1904 y después de una serie de victorias en japonesas en tierra así como la victoria naval de Tsushima de mayo de 1905, se llevó a cabo una conferencia de paz con los Estados Unidos como mediador en donde Rusia reconoció la preeminencia de los intereses del Japón en Corea, aseguró que se evitaría tomar medidas militares en Corea y Manchuria, cedió el arrendamiento de Dalian, sus territorios adyacentes y el ferrocarril a Japón, la parte sur de la Isla de Sajalín, le proporcionó derecho de pesca en el Mar de Ojotsk y el Mar de Bering y finalmente ambos bandos accedieron evacuar Manchuria.

Con la victoria, el imperio japonés aumentó su postura nacionalista y comenzó una nueva fase de expansión continental. En 1910 Corea fue anexado al Imperio japonés.