La cultura del período Yayoi ( Yayoi jidai) es definida en Japón como la primera en implementar los métodos de cultivo de arroz así como el uso de metal, aunque arqueológicamente se identifica mediante la identificación de ciertos artefactos, especialmente los estilos de alfarería. Generalmente se considera que esta época abarcó entre el 300 a.C. hasta el 500 de nuestra era y está dividida a su vez en tres subperíodos:

Subperíodo	Fases de alfarería en el norte de Kyūshū	Fases de alfarería en las llanuras de Kantō	Fases de alfarería en Aomori	Fases de alfarería en Hokkaidō
Yayoi temprano 500 - 100 a.C.	Itazuke I	Jōmon tardío	Sunasawa	Epi-jomon
	Itazuke II	-	Seno
	Jonokoshi	-	Nimaibashi	Esan I
Yayoi medio 100 a.C. - 100 d.C.	Sugu	Osagata	Inakadate 1	Epi-jomon
	Mitoko	Suwada	Inakadate 2
	Takamizuma	Miyanodai	Nembutsuma	Esan II-IV
Yayoi tardío 100 - 300	Shimo-Okuma	Kugahara	Oishitai	Epi-jomon
	Nobeta	Yayoicho	Chitose
	Nishijin	Maenocho	Chokaisan	Kohoku B, C

Los integrantes de la cultura Yayoi eran sumamente distintos físicamente a los de la cultura Jōmon, por lo que existen tres teorías sobre el origen de los Yayoi:

1. Eran descendientes de los Jōmon, aunque sufrieron cambios fisiológicos debido al cambio en su dieta y forma de vida.
2. Eran inmigrantes del continente (vía Corea).
3. Eran descendientes de la mezcla entre Jōmon e inmigrantes.

El uso del metal se diversificó, desde espadas de bronce, espejos para ritos religiosos, armas de hierro y herramientas agrícolas. Con la división del trabajo surgió una profunda estratificación en la sociedad, estableciendo las clases gobernantes y sus súbditos, dando como origen territorios o cacicazgos.

Al final de este período existieron gran cantidad de cacicazgos, siendo uno de los más importantes Yamatai-koku, el cual sentaría las bases de la nación emergente durante el período siguiente y cuya existencia se registra en las Crónicas de Wei. En dichas crónicas se registra la existencia de una nación conocida en China como «Wa» y bajo la dirección de una mujer llamada Himeko, probablemente la Emperatriz Jingū.