El período Kofun (, Kofun jidai) toma su nombre de los kofun (ofun'lit. «tumba antigua» o «túmulo antiguo»), túmulos funerarios en los que los miembros de la clase aristocrática eran enterrados junto con sus armas, armaduras, espejos de bronce, y que generalmente solían tener la forma de un ojo de herradura. Las bases de estos túmulos variaban de tamaño, llegando algunos a ser tan grandes como la de las pirámides de Egipto, reflejando la magnitud del poder de los gobernantes.

Durante este período Japón tuvo mucho contacto con China y Corea y especialmente con éste último. Durante el año 400, un ejército de infantería acudió en auxilio del reino de Paekche, localizado en la parte sureste de la península de Corea, pero sufrieron una gran derrota a manos de la caballería del reino de Koguryŏ, procedente del norte de la península.

El período Kofun marca el fin de la prehistoria y, debido a la falta de registros japoneses, la historia de esta época depende de fuentes externas (primero de crónicas coreanas y posteriormente chinas), así como de los escritos de inicios del período Nara, alrededor del siglo VIII. Aunque no se cuenta con escritos provenientes de China que mencionen a Japón desde los años 266 - 413, registros coreanos del siglo IV proporcionan amplia información de las actividades del reino de Wa, antiguo nombre con que se referían a Japón, en la península coreana. Por otro lado los registros chinos, datados en el siglo V, muestran la cercana relación entre el emergente gobierno Yamato (ubicado en la actual prefectura de Nara) y China. Entre los años 413 y 502, los Cinco reyes de Wa, nombre con que son mencionados 5 monarcas de Japón, mantuvieron una estrecha relación con China enviando emisarios continuamente a aquel país.

El período Kofun generalmente se data entre los años 250/300 - 538/552, siendo el comienzo marcado por la construcción del primer kofun y el final por la fecha en que se considera que el budismo fue introducido en Japón. Por otro lado, diversos historiadores y arqueólogos, como el caso de Charles T. Keally, extienden el período hasta el año 710, por lo que los períodos Asuka y Hakuhō se considerarían subperíodos del Kofun.

• Kofun temprano - Finales del siglo III - siglo IV
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• Kofun medio - Finales del siglo IV - siglo V
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• Kofun tardío Asuka(552-646) Hakuhō(646-710) - siglo VI - siglo VII

El período Asuka (,Asuka jidai) está marcado por la introducción del budismo a Japón, generalmente fechado en el año 552. La llegada de esta religión trajo consigo una serie de conflictos dentro del país, pues algunos miembros de la corte vieron con buenos ojos su difusión, pues consideraron que a través de su implementación se lograría más fácilmente una unidad nacional: era más sencillo sentar una nueva base jerárquica religiosa bajo la figura de una deidad omnipotente (Buda) a diferencia de los cientos de kamis del shintō, o sintoísmo. El conflicto terminó con la victoria de Soga no Umako en el año 587, así como la posterior implementación del budismo como religión oficial por parte del príncipe Shotoku y de la Emperatriz Suiko en 693. Curiosamente el budismo no sustituyó al sintoísmo, sino que ambas religiones convivieron pacíficamente la mayor parte de la historia de este país.

Período Hakuhō

Establecimiento del sistema imperial

Durante ésta época, en el siglo VIII, los gobernadores de Yamato ordenaron que se dejara constancia de los mitos existentes como una forma de legitimarse frente a la población. La más importante de esas leyendas es la referente a la creación de Japón, atribuida a los kami Izanagi e Izanami. Según la leyenda, de éstos dos habrían nacido los tres kami mayores: Amaterasu —diosa del sol y señora de los cielos—, Susanoo —dios de los océanos— y Tsukuyomi —diosa de la oscuridad y de la Luna—. Un día Amaterasu y Susanoo discutieron, por lo que Susanoo se emborrachó destrozando todo a su paso. Amaterasu se asustó tanto que se escondió en una cueva negándose a salir, por lo que el mundo fue privado de la luz. Con el objeto de hacerla salir, un kami femenino, Ame-no-Uzume, efectuó una danza obscena que fue acompañada por la risa de la miríada de dioses que estaban reunidos en asamblea. Al momento en que Amaterasu preguntó por lo que sucedía, le dijeron que había una kami más poderosa, por lo que salió de la cueva y poco a poco se fue acercando a un espejo que pusieron frente a ella. Fue tal su sorpresa de ver su propio reflejo, que quedó deslumbrada unos momentos y entonces aprovecharon para capturarla y la luz volvió a iluminar la Tierra, por lo que el espejo formó parte de las Insignias Imperiales de Japón.

El segundo elemento de las tres joyas de la Corona japonesa se describe más adelante en la misma leyenda. Susanoo fue desterrado por los males causados y mientras vagaba por las tierras de Izumo escuchó que una serpiente de ocho cabezas, llamada Yamata-no-Orochi, atemorizaba a los pobladores. Susanoo mató a la serpiente emborrachándola con sake y le cortó las cabezas. En su cola fue encontrada una espada, que decidió dársela a su hermana en señal de paz. Esta espada representa el segundo icono de las insignias imperiales.