Minamoto no Yoritomo, fundador del shogunato Kamakura en 1192. Estableció el primer régimen militar en el que gobernaron los samurái.

En 1192 Minamoto no Yoritomo se autoproclamó shōgun, título que hasta ese entonces había sido temporal y que se convirtió en un título militar de gran nivel. Con esto se instituyó el shogunato como una figura permanente, la cual duraría cerca de 700 años hasta la Restauración Meiji. Con la nueva figura del shōgun, el emperador mientras que los samuráis se convertirían en los gobernadores de facto. se convertiría en un mero espectador de la situación política y económica del país,

Yoritomo estableció el pueblo costero de Kamakura, al este de Japón, como la sede del shogunato, por ello tomando el nombre del gobierno sámurai y del período histórico. La Corte Imperial otorgó a Yoritomo el poder de nombrar a sus propios vasallos como protectores provinciales (shugo) y mayordomos (jitō), quienes se encargarían de administrar los estados privados. Paralelamente, la Corte Imperial siguió nombrando oficiales provinciales y los dueños de propiedades privadas nombraban a los administradores de dichos terrenos. Así, la estructura política durante el período Kamakura era dual: una administración civil patrocinada por la Corte Imperial y una administración feudal patrocinada por el shogunato.

Después de tan sólo tres shogunes del clan Minamoto y después de la muerte del último, el clan Minamoto no contaba con más herederos, Hōjō Masako, viuda de Yoritomo, tomó la decisión de criar a un niño de tan sólo un año de edad perteneciente a una rama del clan Fujiwara y lo nombró shōgun. De esta forma el clan Hōjō se perpetuaría en el poder por varias décadas, nombrando un shōgun infante y desechándolo al cumplir sus veintes, logrando gobernantes títeres para ejercer el control del país. Por este motivo en 1219 el retirado Emperador Go-Toba, buscando restablecer el poder imperial que gozaban antes del establecimiento del shogunato, acusó a los Hōjō de proscritos. Las tropas imperiales se movilizaron, dando lugar a la Guerra Jōkyū (1219 - 1221), la cual culminaría con la Tercera batalla de Uji. Durante ésta, las tropas imperiales fueron derrotadas y el Emperador Go-Toba exiliado. Con la derrota de Go-Toba se confirmó el gobierno de los samuráis sobre el país.

Luego de la guerra surgieron diversas disputas de las tierras entre los vasallos, aristócratas y campesinos, por lo que el clan Hōjō redactó en 1232 el Goseibai Shikimoku, que sirvió como código legal en el shogunato, y que a su vez codificó las costumbres militares de los samurái, ganándose su confianza, ya que no se basaba en el confucianismo como los códigos aplicados en la Corte Imperial y era muy preciso y conciso en cuanto a penas, por lo que tuvo una efectividad hasta el fin del shogunato Tokugawa.

En el aspecto literario, las obras reflejaban la naturaleza de conflictos y caos, como el Hōjōki, escrito por Kamo no Chōmei en 1212. En la poesía sobresale la compilación de poesía waka Shin Kokin Wakashū presentada en 1205. En el aspecto religioso, hubo una popularización del budismo aprovechando la salvación en momentos de caos. Se crearon nuevas formas de creencias budistas, de fácil comprensión y que despreciaban el aspecto ritual, así extendiéndose en la clase samurái y campesina. Las sectas más importantes que surgieron fueron: Jōdo shū fundado por el monje Hōnen a finales de la era Heian y que fue prohibido entre 1207 y 1211 por diferencias con la Corte Imperial; el Jōdo Shinshū creado por Shinran, discípulo de Hōnen; el Ji shū creado por Ippen; las escuelas de budismo zen Sōtō y Rinzai, fundadas por Dōgen y Eisai respectivamente; y el budismo Nichiren, fundado por Nichiren.

Invasiones de los mongoles a Japón 

La primera invasión tuvo lugar en 1274, cuando las tropas mongolas desembarcaron en Hataka (actual Fukuoka). Los ruidos de los tambores, campanas y gritos de guerra espantaron a los caballos de los samuráis. Durante esta batalla las tropas japonesas se enfrentaron a una técnica muy distinta en el empleo del arco de la que estaban acostumbrados, ya que los mongoles disparaban a grandes distancias y al mismo tiempo generaban «nubes de flechas» a diferencia de los disparos solitarios y a corta distancia efectuados por los arqueros japoneses. Otra gran diferencia entre ambas formas de combate era el uso de catapultastormenta infligió graves daños a la flota invasora por lo que decidieron regresar a Corea para rearmar su ejército. Después de la retirada del ejército enemigo, los japoneses tomaron una serie de medidas preventivas, como la construcción de muros en los puntos vulnerables de la costa,así como la implementación de una guardia. por parte del ejército mongol. Durante la noche de ese mismo día, una fuerte

El segundo intento de invasión tuvo lugar en 1281. Los samuráis efectuaron incursiones a los barcos enemigos desde pequeñas balsas, que sólo tenían capacidad para transportar a doce guerreros, con el afán de evitar el desembarco de tropas en las costas. Después de una semana de enfrentamientos, un emisario imperial fue enviado para pedir a Amaterasu, la diosa del sol, que intercediera por ellos. Un tifón arrasó la flota mongola que se hundió casi en su totalidad. Este hecho dio origen al mito del Kamikaze, considerado como una señal de que Japón era el elegido por los dioses y, por lo tanto, éstos se encargarían de su seguridad y supervivencia. Los pocos sobrevivientes decidieron retirarse y de este modo el país no volvería a enfrentarse a una invasión de grandes proporciones hasta varios siglos después.